Puskesmas sebagai salah satu institusi pelayanan umum membutuhkan keberadaan sistem informasi yang akurat, handal, dan cukup memadai untuk meningkatkan pelayanan kepada para pengguna (pasien) dan lingkungan terkait.
Dengan lingkup pelayanan yang begitu luas, tentunya banyak sekali permasalahan kompleks yang terjadi seperti data dikerjakan secara manual, register terlalu banyak, dan sulit mencari data sebelumnya.
Keputusan Menteri Kesehatan (Kepmenkes) No. 511 Tahun 2014 tentang Strategi Pengembangan Sistem Informasi Kesehatan Nasional (SIKNAS) di era otonomi daerah menegaskan, bahwa sasaran pengembangan SIKNAS pada akhir tahun 2009 adalah telah tersedia dan dimanfaatkannya data dan informasi kesehatan yang akurat, tepat, dan cepat dalam pengambilan keputusan atau kebijakan bidang kesehatan di kabupaten/kota, provinsi, dan Departemen Kesehatan dengan menggunakan teknologi informasi dan komunikasi.

5 hambatan dalam implementasi sistem informasi kesehatan di Puskesmas :
1. Server down
2. Keterbatasan sarana
3. Keterbatasan cakupan sistem informasi
4. Human error
5. Dianggap beban kerja

Lalu 5 solusi yang bisa dilakukan untuk hambatan yang dalam implementasi sistem informasi kesehatan di Puskesmas :
1. Selalu Memperbarui server secara berkala agar hambatan dapat seminimal mungkin terjadi
2. Menyediakan sarana berupa komputer, internet dan aplikasi dengan semaksimal mungkin dari pemerintah
3. Menyamaratakan ketersediaan sistem informasi secara menyeluruh ke seluruh negeri termasuk pelosok kota & kabupaten
4. Dilakukan oleh orang-orang yang kompeten dalam bidangnya dengan etos kerja yang disiplin dan teliti
5. Memberlakukan kebijakan yang sudah diresmikan sehingga tidak terjadinya double kerja yang dirasakan sebagai beban kerja

Penerapan sistem membutuhkan biaya cukup besar, namun hal tersebut adalah sebuah investasi, terutama instansi yang memberikan pelayanan kepada masyarakat seperti Puskesmas. Saran yang dapat disampaikan untuk meningkatkan kedisiplinan input data oleh Petugas/Pegawai Puskesmas adalah memberikan reward dan punissment atau bentuk evalusi berkala.